Con lo sencillo que sería sacar un R.D. o similar que dijese:

"Cuando la Guardia Civil, instituto armado de naturaleza militar, se encuentre desarrollando sus funciones policiales bajo el mando del Ministerio del Interior y en territorio nacional, se le reconocerán los mismos derechos y deberes que a los institutos armados de naturaleza civil otorgan las leyes y reglamentos, en concordancia con la L.O. 2/86 de FCS.
No siéndoles de aplicación el punto anterior, cuando realicen sus funciones especificas militares bajo el mando del Ministerio de Defensa o encuadrado en unidades de las FAS".

Y nos ahorramos la unificación y el coste que ello conlleva en todos los aspectos