Bueno, para salir de dudas, me he bajado la convocatoria del año 2013 y en ella se refleja lo que sigue:

2.2 Estar en posesión de título o certificado de: 2.2.1 Titulación Universitaria Oficial de Licenciado/Graduado/Master, Ingeniero o Arquitecto: 8 puntos. 2.2.2 Titulación Universitaria Oficial de Diplomado, Ingeniero/Arquitecto Técnico: 6 puntos. 2.2.3 Técnico Superior o Técnico Especialista: 4 puntos. 2.2.4 Bachiller LOE 2/2006, de 3 de mayo, o equivalente académico: 3 puntos.
Para la valoración solamente se considerará la titulación académica de mayor nivel de las aportadas.
Los títulos oficiales académicos objeto de baremo serán los expedidos por los centros u órganos competentes del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte o Comunidad Autónoma que tenga transferida esta competencia, y podrán ser sustituidos por el resguardo provisional emitido por el centro oficial habilitado para la expedición del título. Por lo que se refiere a los títulos oficiales universitarios de Graduado, Master Universitario y Doctor serán los regulados por el Real Decreto 1393/2007, de 29 de octubre, sobre ordenación de las enseñanzas universitarias oficiales.

Con lo cual se entiende que solamente vale una titulación universitaria, si tienes dos, pues pon la de mayor nivel, si son de igual nivel, pues pon una de ellas.

Un saludo!