No sé por qué te lías tanto.

Si son delitos se aplica el código penal siempre, pero además puede aplicarse el régimen disciplinario porque protegen bienes jurídicos diferentes sin vulnerar el "non bis in idem".

Si no es delito, se tratará de una mera infracción disciplinaria y se aplicará sólo el régimen disciplinario dentro de su ámbito de aplicación que es en tu trabajo como guardia civil o directamente relacionado con tu trabajo. Fuera de tu trabajo no se puede aplicar el régimen disciplinario pero sin embargo, según doctrina de la sala V sí se puede aplicar el Código Penal Militar. Por ejemplo, has salido a las 14:00 de tu trabajo, vas a casa y comes, después vas a tomar un café al bar, te encuentras con tu capitán y le llamas gilipollas porque quieres y le das un leve sopapo. En este caso se te aplicaría el CPM por insulto a un superior. Si lo haces vestido de uniforme en tu trabajo se te aplica el Régimen disciplinario y si de uniforme le insultas y le clavas un cuchillo se te aplica el código penal y además el régimen disciplinario.

Por otra parte son leyes orgánicas no porque sean "más gordas" sino porque constitucionalmente se requiere este requisito de reserva de ley orgánica para regular ciertas materias. La Ley orgánica requiere de una mayoría cualificada en el congreso que la hace más difícil de modificar, pero dentro de la jerarquía normativa no está por encima de una ley ordinaria, está exactamente al mismo nivel porque tienen el mismo rango igual que el decreto-ley, el decreto legislativo o las leyes de las comunidades autónomas, esto es, rango legal.

Y si dos leyes regulan la misma materia se aplica la que corresponda en virtud del principio de competencia o en virtud del principio de especialidad.