El G36 tiene cuatro versiones principales diferentes, que comparten el mismo cajón de mecanismos y difieren únicamente en el peso y longitud del cañón y del guardamano. Además, para tres de las versiones existe una variante de exportación (antes denominada E, ahora V).

G36. Versión principal. Puede disparar granadas de fusil estándar OTAN y lleva un aditamento junto al apagallamas para acoplarle un cuchillo-bayoneta. También se pueden usar los cargadores de 100 cartuchos Beta C-Mag y el bípode, originariamente diseñados para la MG36. Existe asimismo un guardamanos modificado para acoplarle el lanzagranadas AG36 de 40 mm.
G36V, antes G36E. Versión de exportación del G36.
G36K (Kurz). Versión carabina. Se diferencia del G36 en que tiene el cañón y el guardamanos más cortos; la longitud del cañón es de 318 mm. Con la culata plegada su longitud total es de 615 mm, lo que hace que sea apropiada para actuar tanto en espacios cerrados como dentro de vehículos.
G36KV, antes G36KE. Versión de exportación del G36K.
G36C (Compact). Versión compacta. Con un cañón y guardamanos muy cortos, es una carabina compacta con cañón de 228 mm. Con la culata plegada tiene una longitud total de 500 mm y es más corto que el MP5 de 9 mm. El G36C es la carabina de 5,56 mm de producción en serie más corta de la actualidad. Su tamaño hace que sea especialmente apropiada para operaciones en espacios reducidos o cualquier otra aplicación donde se requerida un arma potente y compacta. Debido a su diseño compacto tiene un guardamanos y también se le pueden incorporar miras adicionales a elección del usuario. A este fusil de asalto se le han hecho numerosas pruebas. El G36C es capaz de disparar bajo el agua, así como cubierto de arena y barro.
MG36 (Maschinegewehr). Versión ametralladora ligera. Con la misma longitud que el G36, monta un cañón más pesado. Se incluye un bípode en el equipo estándar, así como tambores de 100 cartuchos (aunque acepta los cargadores estándar de 30).
MG36E. Versión de exportación de la MG36