Hola José.
Mi caso y el de otros muchos, es que eramos militares profesionales con el contrato de larga duración,(hasta los 45 años) e hicimos el examen y entramos en la academia de Baeza, se rompe el contrato militar y listo, ningún tipo de problema. Pasamos de depender al ministerio de defensa al de interior.
No creo que tengas ningún problema. En el ejercito tienes un contrato, por ejemplo de dos años, pero si tu te quieres marchar por iniciativa propia también puedes irte. Lo dicho, no creo que tengas problema.
Un saludo.
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