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Eso de haciéndose cargo este último de la instrucción no viene así en la LECrim.

Se presenta el general, en un escena de un homicidio y el capitán de la UOPJ le da cuenta y se pone a su disposición pero nada de que instruya el general. Lógico.

Pues lo mismo para otros empleos.

Y el Manual de PJ pone que instruye quien decida el Jefe de la Unidad. Yo
Efectivamente. Pero también debes de entender la época en la que se escribió este artículo:

Artículo 285.
Si concurriere algún funcionario de Policía judicial de categoría superior a la del que estuviese actuando, deberá éste darle conocimiento de cuanto hubiese practicado, poniéndose desde luego a su disposición.
Al igual que el artículo 285 no dice nada de quien instruye, tampoco lo dice el artículo 299, ya que lo deja como algo genérico, pero se entiende que quien instruye es el juez de instrucción que es quien constituye el sumario.

Artículo 299.
Constituyen el sumario las actuaciones encaminadas a preparar el juicio y practicadas para averiguar y hacer constar la perpetración de los delitos con todas las circunstancias que puedan influir en su calificación y la culpabilidad de los delincuentes, asegurando sus personas y las responsabilidades pecuniarias de los mismos.
Somos instructores hasta que damos conocimiento al juez competente, que es cuando dejamos de ser instructores.

Por supuesto, Obvio, que cuando un superior se persona donde estamos actuando -no digo instruyendo- no se va a convertir en instructor y que va a ser él -que tampoco es así- quien va a determinar que siga realizando diligencias.

Además, me has puesto un ejemplo, precisamente, el homicidio, donde realmente el instructor no va a ser ningún guardia, porque, a priori, desde el primer momento en el que se tiene conocimiento de la ocurrencia de un homicidio, se contacta directamente con el juez de guardia para darle conocimiento, convirtiéndose él directamente en instructor. Si estoy equivocado, por supuesto que acepto que me rectifiques.

Yo te puedo poner el ejemplo de tráfico, que sí que es mucho mas claro:

Cuando hay un siniestro vial con fallecido, el equipo de atestado que llega al lugar se hace cargo de todo, tenga el empleo que tenga el que esté en el lugar del siniestro momentos antes de su llegada; y solo se pone a disposición de su oficial, ya puede estar presente el capitán de seguridad ciudadana, que solo se pone a disposición del oficial de tráfico; o del suboficial. Cuando llega el oficial, se le informa de todo lo que se ha hecho y de lo que se pretende hacer; pudiendo el oficial -obviamente- ordenar cualquier actuación e incluso el cambio de instructor, por supuesto. Y solo se comunica al juez y al forense cuando él ordene. En el momento en el que se le comunica, al juez, que hay un fallecido y se le pide autorización para el traslado del cadáver, dando conocimiento de los hechos, el instructor pasa a ser el juez, motivo por el cual se elabora el atestado urgente y se remite en menos de 24 horas. Los guardias de atestados pasan a ser expertos/investigadores, no instructores; aunque se suele firmar como instructores, no siendolo realmente.

Si estoy equivocado, admito rectificación.